テーブルのフィルターをクリアする場合は、ListObject.AutoFilterのShowAllDataメソッドを実行します。これはフィルターの抽出状態に関わらず実行できますので、抽出がかかっていなくてもエラーにはなりません。

テーブル(ListObject)の最終行取得を解説します。これはListObject.Rangeの最終行で求めますが、そもそもテーブルはListRowプロパティを利用して、1からListRows.Countまで、のようにレコード数でForループが書けることは留意してください。